透射式熒光顯微鏡：

透射式熒光顯微鏡由汞燈發出的各種譜線的光線，經激發濾光片后只讓某一種波長的紫外光線通過，如波長為404.7nm藍紫光，經反光鏡后，激發樣品產生熒光。這個濾光片將其它波長的光線濾掉，并使樣品激發熒光，所以稱激發濾光片。

通常，熒光波長比激發樣品的光的波長大得多，是可見光。這樣產生的熒光和透過樣品的一部分激發光(紫外光)，經物鏡成像后，人眼即可用目鏡觀察熒光圖像。為了防止紫外光進人目鏡視場，降低圖像材度和損傷人眼，安放了一塊截止濾光片，它只讓某一部分波長的譜線通過，如只讓500～750nm的可見光通過，而不讓500nm以下的光通過，所以稱為截止濾光片。

反射式熒光顯微鏡：

反射式熒光顯微鏡和透射式熒光顯微鏡的原理類同。

反射式熒光顯微鏡有下列優點：

①光能的利用率高。在反射式熒光顯微鏡中，激發光直接照射在標本的觀察表面;而在透射式熒光顯微鏡中，激發光穿過具有一定厚度的標本后才抵達觀察表面，能量被衰減。

②反射式熒光顯微鏡可以觀察不透明標本。所以現在大多采用反射式熒光顯微鏡。然而，實現反射熒光的技術難度較高，此技術隨著電子計算機的出現，薄膜技術的不斷發展才得以實現。實際反射式熒光顯微鏡中，激發、截止濾光片和半透分光鏡是做成一個濾光片組。