普通熒光顯微鏡已廣泛應用于生物醫學領域等生命科學研究，借助熒光成像系統，將普通顯微鏡升級為數字化高靈敏度熒光顯微鏡，并增加動態圖像獲取功能，計算機代替肉眼或照相機進行觀察或攝像，數字化的圖像在電腦中進一步處理，提高了圖像的清晰度。

熒光成像顯微鏡具有以下優點：

1)靈敏度很高，可探測微弱的熒光圖像；

2)對測定物質的定性或定量分析，實現熒光準確定位；

3)通過切換濾塊,能夠實現熒光成像與暗場成像的共定位；

4)對細胞的刺激性小，能夠進行多重染色檢測研究分析，適合于觀察切片和活細胞。

當然，熒光成像顯微鏡也會存在一些不足，主要是細胞在可見光區有自發熒光，掩蓋了標記分子信號，難以實現對分子的長期標記檢測。因此對于生命科學的研究，熒光成像技術也是在不斷改進中。

熒光成像技術的應用：

蛋白質、金屬離子的檢測；

腫瘤疾病的檢測和診斷；

藥物新劑型研究。

目前熒光成像顯微鏡已成為各個實驗室及成像平臺的標配成像設備，是我們日常實驗研究的好幫手。熒光顯微鏡主要分為三大類：正置熒光顯微鏡（適合切片）、倒置熒光顯微鏡（適合活細胞，兼顧切片）、體視熒光顯微鏡（適合較大標本，如植物、斑馬魚（成體/胚胎）、青鳉、小鼠/大鼠器官等）。