熒光顯微鏡比普通顯微鏡復雜，使用也比較麻煩，但只要注意下面幾點，用戶自行作些校準還是很容易的。

汞燈的校準

基于熒光顯微鏡的原理，決定了選用汞燈作為其光源。由于標本產生的熒光比較弱，為了得到較亮的圖像，汞燈的校準至關重要。具體校準步驟如下：

①開啟汞燈后，在熒光顯微鏡工作臺上放一張白紙，并從物鏡轉換器中轉出物鏡，即轉換器上出現的空孔位于光軸上，卸去轉換器上保護蓋(如無空孔，可卸掉一個低倍物鏡，校準完畢后再旋上)。轉動熒光顯微鏡主體內的濾光片座，選一個透過綠光的濾光片組，使反射照明有光通過物鏡轉換器孔，此時在白紙上可以看到汞燈照亮的光斑。如光斑太亮，可以插入中性濾光片，或帶上太陽眼鏡，以保護眼睛。

②轉動聚光鏡調焦旋手，使汞燈光弧在白紙上成像清晰。因汞燈室內裝有一個球面反光鏡，用來增加亮度，于是在白紙上看到兩個光弧的像。旋轉汞燈調節旋手和反光鏡位置調節旋手，使兩個光弧并立。再轉動反光鏡聚焦調節旋手，使兩個光弧有接近相等的亮度。

③旋轉汞燈調節旋手和反光鏡位置調節旋手，使兩個光弧重合。再調節聚光鏡調焦旋手，得到放大和均勻的光弧像。這樣汞燈校準工作就完成了。轉入物鏡后，根據物鏡具體倍率，稍微調節一下聚光鏡調焦旋手就可以了。